Cette faculté appartient aujourd'hui à l'Université Paris Cité, un conglomérat de centres fondé il y a quelques années, dans la dynamique de création et de destruction d'universités qui caractérise la région, surtout après 1968. Elle est l'héritière de l'École de pharmacie, créée en 1803, elle-même créée par le Collège des pharmaciens (en 1777). Et cela résulte de la réorganisation de l'ancien ordre des maîtres pharmaciens, qui remonte à 1629. Dès le premier instant, la faculté actuelle est divisée en trois grands espaces : le bâtiment principal, la zone de pratique et le jardin botanique.
À l'extérieur, les principaux amphithéâtres du bâtiment donnaient directement sur le jardin, mais au milieu du siècle dernier, surtout à la suite des événements de 1968, l'augmentation du nombre d'étudiants fut si importante qu'il fallut agrandir la faculté, et cela se fit par la construction d'un bâtiment moderne, annexé à l'ancien, qui était "enfermé" dans le nouveau, au moins sur sa façade arrière.
Dans un couloir de la faculté se trouve un vitrail trouvé démonté dans certains entrepôts et entièrement restauré. Il date de 1888 et avait été commandé pour être placé au fond de la salle principale. En 1965, il a été démonté pour construire l'extension moderne de la faculté et jusqu'en 2014, il a passé 50 ans inaperçu dans un entrepôt.